Nella Cripta, a forma ovale, la pietra tombale e l’altare, in arenaria dorata, sono collocati dentro un grande bulbo di radica, con la scritta:
‘Beato Luigi Maria Monti – Fondatore – Bovisio 24 luglio 1825 – Saronno 1 ottobre 1900’.
Il Santuario fu consacrato il 24 luglio 2004 da Sua Em.za il Card. D. Tettamanzi, Arcivescovo di Milano.